肺炎衣原体感染可以用头孢类或大环内酯类的抗生素，也可以口服多西环素、左氧氟沙星等。
如果出现严重的并发症，可以考虑使用头孢哌酮和头孢噻肟类药物。如果对头孢过敏，要选择口服阿奇霉素胶囊、罗红霉素分散片等大环内酯类药物，或者可以口服左氧氟沙星片、土霉素片、多西环素分散片等，注意在医师的建议下进行治疗。