HPV的治疗目前还没有特效的药物，可以通过角质剥离剂、细胞毒药物等药物来进行治疗。
角质剥离剂能促进皮肤的再生，调节皮肤的增生与分化，从而使得皮肤上的角质层变得更加的松软和易于脱落，可以有效地治疗HPV感染所致的皮肤异常。细胞毒药物可以通过对DNA和RNA的合成进行控制，以提高HPV感染所致的皮肤增殖性皮肤损伤，但这种药会留下黑点，需要谨慎使用。