治疗HPV病毒的药物有胸腺肽、转移因子等。具体分析如下：
1、胸腺肽：广谱抗病毒药物。临床上用于治疗尖锐湿疣，生殖道疱疹等。不良反应为心悸，过敏，恶心等。孕妇忌用，用于哺乳期女性需停止哺乳。
2、转移因子：转移因子在美国属于食物，在中国属于药物。用于治疗难以控制的病毒性感染。不良反应有皮疹，注射部位疼痛。