肺炎衣原体肺炎的治疗多采用抗生素。
首选的疗法是红霉素，或多西环素，临床亦有用克拉霉素，阿奇霉素等药物治疗肺炎衣原体感染。但其中阿奇霉素疗效明显好于克拉霉素。对于革兰阴性菌感染以及支原体感染都有较好的疗效。
在使用时必须根据实际情况选择合适的抗生素进行联合用药，抗生素疗程必须足够长，防止复发，这样才能达到较好的疗效。