目前还没有治疗HPV感染的有效药物，但是可以通过角质剥脱剂、局部免疫调节药物、细胞毒性药物来改善症状。
角质剥脱剂对HPV感染的皮损部位有促进表皮细胞更新，促进角质层细胞脱落，改善症状。局部免疫调节药物具有诱导细胞因子的作用，间接抗病毒。细胞毒性药物具有抑RNA和DNA合成的作用，对HPV感染引起的增生性皮损有一定的改善作用。
HPV感染者要及时就医，要严格按照医生的要求用药，如果药物治疗无效，可以采用其他治疗方法。