妇科衣原体感染是一种通过性行为传染的疾病，主要是通过性生活来传染的，主要是宫颈柱状上皮和泌尿系统的移行上皮。一般情况下，女性患上了衣原体，通常没有任何症状，也可能是症状不明显，有些妇女会出现急性宫颈炎，阴道分泌物增多，气味难闻，有些妇女会被巴氏腺感染，会导致外阴肿胀，疼痛。
少部分患者会出现尿频、尿急、尿痛、泌尿系统感染等症状。孕妇一旦感染了衣原体，也会导致羊膜炎、胎膜早破，从而导致新生儿角膜炎。