治疗男性生殖系统感染的药物有以下几种：
1、葡萄球菌、大肠杆菌等细菌感染，可选用头孢曲松钠、左氧氟沙等药物。
2、若为淋球菌感染所致，则优先选用青霉素V钾，哌拉西林钠等青霉素类抗生素。
3、如支原体和衣原体的感染，可用阿奇霉素或红霉素。
但是以上药物都需要在医生的指导下使用，以免损害身体。