如果男性尿道感染，可以选择抗生素进行治疗。在抗生素方面，目前推荐头孢曲松和头孢克肟类药物，如左氧氟沙星、头孢克肟等。如果支原体、衣原体感染不能排除，应加用多西环素或阿奇霉素。
同时要多喝水，形成大量的尿液冲刷尿道。另外，患者要注意休息，避免过度劳累，避免酒精、辛辣食物刺激，避免性生活。如果有性伴侣，性伴侣需要同时进行检查和治疗，如内裤、被褥等衣物要及时清洗消毒，避免二次感染。