病毒疣具体的治疗方式也各不相同，所以也不能确定哪一种是最好的。
目前疣的治疗方法有冷冻、电灼、激光、外用药物等。其目的是破坏疣体，调节局部皮肤生长，刺激局部或全身的免疫应答。
治疗要考虑疣的类型、年龄、治疗史和治疗效果，任何一种治疗都要在2~3个月内进行。注意并不是全部疣都要治疗，有些疣如果不经过处理就会自动消退。