水杨酸制剂、咪喹莫特霜剂、石碳酸是治疗传染性软疣的首选药物。如果有合并感染，可以选择莫匹罗星软膏。
传染性软疣是由传染性软疣病毒引起的，可以外用水杨酸制剂，外用15%-20%的水杨酸，配合聚维酮碘溶液，或者使用咪喹莫特乳膏对疣体进行清洁。如果有细菌感染，可以在皮肤上涂抹莫匹罗星软膏来清除感染。