治疗传染性软疣的主要方法有水杨酸制剂、咪喹莫特霜剂、石碳酸等。如果有并发细菌感染的话，可以选择莫匹罗星软膏，如果需要，还可以联合应用西多福韦。
传染性软疣是一种感染性的疾病，可外用的是水杨酸制剂，可外敷15%-20%的水杨酸，配合使用聚维酮碘溶液，可以促进皮肤的愈合，使用咪唑喹莫特霜进行疣的治疗。如果是有细菌感染的，可以使用莫匹罗星外敷来清除炎症。