对于自主神经功能障碍，可以服用一些调整自主神经功能的药物，也可以服用一些对症的药物。
维生素B族的药物主要是用于调整植物神经功能紊乱的药物，这种药物主要用于防治周围神经炎，也可以用于消化不良。
对症的治疗药物，主要是对症的治疗心律失常，失眠、心动过缓等，苯二氮类的药物是一种抗植物神经功能紊乱的药物，具有抗焦虑、抗惊厥、镇静、清除不良记忆等功效。
临床上常用这一类的药物治疗焦虑、失眠、肌肉痉挛以及痫样发作的患者，5-羟色胺再摄取抑制剂也属于治疗植物神经功能紊乱的药物。