小脑萎缩的病因可归纳为先天性和后天性两类，前者多见于青少年患者，与基因遗传相关，典型疾病为脊髓小脑性共济失调，表现为青少年患者步态不稳、肢体萎缩、肌无力等一系列症状，该疾病无法根治或治愈，只能通过康复手段来缓解患者病情，延缓疾病进展。
后天性的成因复杂多样，包括但不限于脑血管疾病、脑炎、脑外伤以及中毒等多种因素，尤其是吸毒患者可能出现小脑萎缩、小脑共济失调等一系列损害症状。
随着年龄的增长，老年人的小脑也可能出现萎缩现象，其中一部分是生理性的，一些年迈的人可能会出现病理性的小脑萎缩，常见的病因主要与神经系统的变性性疾病有关，其中最具代表性的视神经系统多系统的萎缩，表现为小脑性共济失调、小脑萎缩、步态不稳以及明显的自主神经功能紊乱，这些都是小脑萎缩常见的先天性和后天性的病因。