没有三种脑炎的脑脊液鉴别的说法，常见脑炎的脑脊液鉴别分别为细菌性脑炎、结核性脑炎。
细菌性脑炎是由于细菌性的感染而造成的。CSF的主要特征为：细胞数量及蛋白质含量显著增加，而糖份及氯离子含量显著下降。病人可能会出现发热、精神萎靡、食欲减退、咽痛等无特异性的性染。在没有明确细菌种类的情况下，可以通过药物进行治疗。
结核性脑炎是由肺结核分支杆菌引起的，它通过血液循环系统感染到脑膜引起的。其特征表现为：细胞数增加，主要表现为淋巴细胞增加，蛋白增加，糖减少，氯化物减少，并在脑脊液中检出抗酸菌。病人可能会有间歇性的头痛和盗汗等症状。