大多情况下，甲钴胺口服比较好，如果神经损伤严重或者服用以后有胃肠道反应，则注射比较好。
服用甲钴胺后，能够与胃中的内因子结合，随食物入肠后，与肠壁细胞结合，将成分从肠壁细胞中吸收到血液中，起到营养神经，促进神经快速修复的作用。一般情况下，临床上都是采用口服的方式，由于口服后吸收迅速，可以避免注射时对局部造成的伤害。
如果是周围神经炎、神经卡压、外伤等引起的神经损伤，可以在医生的指导下进行静脉或肌肉注射，这样药物进入血液循环速度会更快，从而得到有效的缓解。
另外，对于一些胃部疾病，比如胃炎，或是服用了甲钴胺之后，会引起一些消化道的不良反应，比如饮食不佳、恶心、呕吐、腹泻等，都需要进行注射，这样不但可以起到很好的作用，还可以不通过胃肠道，缓解胃肠道的不适。