雷公藤有大毒性，要注意用量且慎重使用，副作用有胃肠道反应，服用时会刺激胃肠道引起恶心、呕吐、腹胀、腹泻、甚至消化道出血。还会导致生殖系统的损伤以及皮肤黏膜的破坏。服用时应注意尽量避免空腹服用，服用时可以同时服用保护胃黏膜的药物。应注意孕妇禁止使用，有其他内脏刺激性病变患者不宜使用，白细胞减少患者不宜使用。