藤黄健骨丸的主要作用有活血和止疼作用，还有补益肝肾的作用，能够治因为身体退化所导致的疾病，从而出现的肢体关节疼痛症状。主要应用于因为各种气滞血瘀所导致的疼痛，尤其是因为骨质增生所引发的周围软组织的刺激性疼痛或者肢体的疼痛症状。