连翘败毒丸的副作用是腹泻，并且吃完连翘败毒丸之后可能会出现肠道绞痛等症状。但是连翘败毒丸是有很多功效的，主要功效是清热解毒，散风消肿，是用来治疗脏腑肌肉以及风湿热毒引起的创伤。表现为红肿疼痛，怕冷，怕热，风湿疙瘩还有一些全身刺痒，大便秘结等症状，因为药性苦寒，所以在服用时注意脾胃虚寒者服用的药量和时间。禁止吃一些辛辣刺激食物。