颅咽管瘤的手术风险相对来说是比较大的，因为颅咽管瘤通常位于鞍区。而鞍区又临近很多重要的神经结构，特别是垂体，视神经，视交叉和下丘脑。所以颅咽管瘤的手术通常会导致垂体功能低下，尿崩症，中枢性电解质紊乱，而且有可能会引起迟发性的颅内出血。如果选择经鼻蝶入路颅咽管瘤切除术，还有脑脊液漏的风险，可能会导致颅内感染。