癌胚抗原目前广泛用于临床恶性筛查，以及恶性肿瘤治疗效果评价的对比指标。主要用于消化道肿瘤，如结肠癌、直肠癌、胃癌、胰腺癌、胆管癌等，其他的恶性肿瘤也是可以出现癌胚抗原升高，如肺、乳腺及泌尿生殖系统的恶性肿瘤等。但是轻度的的升高不能说明是恶性肿瘤，需要结合彩超、CT、胃镜等常见检查综合判断。