临床上鉴别根尖囊肿与颌骨囊肿的方法有很多。首先两种疾病的病因不同，根尖囊肿多由牙齿龋坏引起，可有不同程度的牙体缺损，而且牙髓坏死没有活力，但是颌骨囊肿范围以上牙齿可出现牙体完好，牙髓活力正常，所以临床上可以对患牙进行牙髓活力测试，对两种囊肿进行鉴别比较有意义。临床上还可以通过影像学检查，特别是三维CT对两种疾病进行鉴别诊断。一般根尖周囊肿病变原因来自牙根内部感染，囊肿常包绕根尖区，但是颌骨囊肿，可以位于根尖以外范围，与牙齿没有直接关系。另外临床上的颌骨囊肿范围常较大，可波及多颗牙齿，而根尖囊肿范围较小，常包绕一个牙根。