在临床上原发性肝癌的诊断和确诊是按规程进行的:首先从病史等方面进行筛查:了解有无乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎病史；有无长期酗酒、食用黄曲霉毒素食物；有无脂肪肝、肝硬化病史；有无肝癌家族史等。体检化验有无甲胎蛋白(AFP)、癌胚抗原(CEA)等肿瘤标志物的增高。肝脏的影像学检查很重要，这主要是有无典型肝癌影像学特征的占位性病变，常用的有:超声检查、CT、磁共振成像，必要时使用功能性影像检查手段比如PET-CT等。但原发性肝癌的最终确诊依据还是要依赖于病理学检查:通过穿刺等手术手段取得肝脏占位性病变组织标本，送检到病理科组织病理学或细胞病理学检查，常见的有:病理切片常规染色、病理切片免疫组化染色等，必要时需要做肝癌组织的分子病理学检查。经过病理学检查确诊的原发性肝癌有三种不同的病理类型:原发性肝细胞癌、原发性肝内胆管癌、混合性肝细胞癌-肝内胆管癌。