由于软腭癌放疗的治愈率较高和手术后功能损伤较大，过去多只用放疗。由于手术切除和重建方法的改进，现在已倾向于手术根治性切除+放疗的计划性综合治疗。
一、药物治疗
本病无有效的药物治疗。
二、手术治疗
手术治疗可以改善咽部疼痛，吞咽困难的症状。早期肿瘤(直径<5mm)手术切除成功率高，并发症少。如果手术时将软腭全层切除，则需安置假体或重建软腭以恢复其功能。如有颈淋巴结转移应同时行颈廓清术。
三、放射治疗
放疗对早中期肿瘤治愈率较高，且对功能损害较小，不需要假体或组织重建。放射通常采用射野相对的外放射，包括软腭和颈上部淋巴结。如果只有一孤立的软腭原发灶可经口局部放射性元素植入，也可取得较好的效果，局部植入应在外放射之前进行。