软腭癌主要表现为口咽不适、口臭、咽痛等，发展到一定程度可引起鼻塞、吞咽困难、呼吸困难。肿瘤常合并溃疡、出血、感染、软腭穿孔等。
早期仅感口咽不适，之后出现口臭、咽痛、吞咽痛，可放射至同侧面部和颈部，应用抗生素可暂时减轻症状。晚期可出现吞咽困难、声音改变、软腭固定、破坏、穿孔可导致食物反流至鼻腔；向上或向外侵犯鼻咽或咽旁间隙可致牙关紧闭、张口困难、中耳炎、颞部疼痛。