1、内镜检查：胃肠道神经内分泌肿瘤首选的检查措施，可以明确肿瘤部位、侵犯深度等。
2、病理检查：是诊断胃肠道神经内分泌肿瘤的金标准，临床表现及其他辅助检查因缺乏足够的特异性和敏感性，临床医师需综合加以应用和分析协助诊疗。
3、影像学检查：常用的影像学检查方法有CT、MRI、B超及超声胃镜等，影像学检查在评估肿瘤与周围组织的关系，判断是否可以手术治疗，发现是否存在转移病灶以及评估疾病分期及预后等方面具有重要的意义，尤其是超声胃镜检查对病灶的定位具有独特优势。
4、肿瘤标志物检查：嗜铬颗粒素A是目前公认最有价值的诊断胃肠道神经源性肿瘤的肿瘤标志物，对于初诊胃肠道神经内分泌肿瘤的患者的特异性及灵敏度可以达到70%以上。