疣状癌的首选治疗方法是手术切除治疗，也是本病最好的治疗方式，也可配合进行电灼、化疗药物等方式进行治疗。
一、药物治疗
化疗药物：通过干扰细胞的基本代谢过程而杀伤癌细胞，对快速分裂细胞的杀伤作用较强，最常用的药物有甲氨蝶呤、博来霉素等。
二、手术治疗
手术切除：1、术式有肿瘤局部切除、阴茎部分切除和全切除，切除的范围以距离肿瘤2cm且快速病理切片报告未见肿瘤细胞为准。
2、对于肿块较小、早期、侵袭表浅的年轻患者建议采用单纯肿瘤切除术，尽量保留阴茎的正常外形和生理功能，不做阴茎全切术；行阴茎部分切除术时也应考虑到患者的人文关怀，尽可能保留较多的阴茎组织，以保持患者的性功能和较高的生活质量。
3、对伴有腹股沟局部淋巴结肿大的患者，在肿瘤切除并抗炎治疗后肿大的淋巴结消失，这可能系炎性反应所致，不推荐常规进行淋巴结清扫术。
4、对术后复发者，行阴茎部分或全切除术，其疗效仍较理想，并不影响预后。
三、其他治疗
1、电灼术：足部疣状癌常用，电灼术的高频输出刀头与人体的皮肤和组织接近到一定距离时，即产生100℃~3000℃之间的高温放电火花，高温能将皮肤赘生物或溃烂处气化或碳化，使损坏的地方永久性消失。
2、冷冻疗法：使温度降到0℃以下，细胞内外的组织液形成冰晶，细胞结构被破坏，达到治疗疣状癌的目的。