1、实验室检查：通过血常规检查患者是否出现贫血；通过大便隐血试验判断患者是否有消化道出血的症状。
2、X线钡餐造影：因脂肪瘤在X线钡餐造影下仅显示为充盈缺损，目前临床上已较少应用。
3、CT：CT是诊断脂肪瘤的可靠检查手段之一，可显示肿瘤的大小、位置，但对体积较小或伴有溃疡、糜烂者有一定困难，定位诊断可能存在一些偏差。
4、内镜超声：内镜超声能清晰显示消化道管壁的层次结构，并可依据病变起源层次及内部回声特点初步明确其性质，是目前公认的诊断消化道黏膜下病变的最佳方法。
5、MRI检查：MRI对脂肪病变非常敏感，可明确病灶与周围组织的关系，且没有辐射，可以代替CT对病变诊断。
6、病理学检查：目前小肠脂肪瘤仍需术后病理最终确诊。