结肠脂肪瘤无症状者不需治疗，需长期随诊。有症状者且瘤体直径大于2cm者的主要治疗方式为手术治疗，包括经腹腔镜电切、经结肠镜电切、开腹手术等术式。术后应注意每年一次结肠镜检查，观察本病有无复发。
对于瘤体较小又不伴有临床症状者，可以定期随访观察。若瘤体直径大于2cm，结肠脂肪瘤伴有临床症状，诊断不明，不能除外结肠癌的可能，需进行手术治疗。
1、经结肠镜电切术：国外较多采用此法，但它导致继发性肠穿孔的发生率较高。一般认为本方法仅适用于黏膜下单发、有蒂的脂肪瘤，且瘤体应小于2cm，否则导致并发症的危险将成倍增长。
2、开腹手术治疗：将有脂肪瘤的肠段切除后再行肠吻合术，本方法适用范围较广，凡经结肠镜不能切除的脂肪瘤均可采用此法治疗。值得提出的是，在开腹手术中应全面探查是否多发或合并恶性肿瘤。
3、经腹腔镜结肠脂肪瘤切除术：现今腹腔镜下行结肠肿瘤切除已成为主流治疗手段，许多结肠脂肪瘤可在腹腔镜下切除。