毛囊皮脂腺囊性错构瘤的病因目前尚不明确，可能与雄激素水平异常、基因异常、遗传因素等有关，好发于孕妇。目前还未发现明确的诱发因素。
1、雄激素水平异常：如果身体雄激素水平异常，也会导致雌激素水平失衡，容易导致本病的发生。
2、基因异常：该病与先天基因的表达异常有关。
3、遗传因素：有家族遗传病史的人群，发生本病的几率增高。