1、CT检查：CT检查的目的在于了解肿瘤对于周围组织的侵犯情况、是否存在区域淋巴结的转移、是否存在远处的转移，这些检查对于肿瘤的分期有很大的帮助，包括腹部的CT检查、盆腔的CT检查。肛管直肠内的腔内超声检查，对于判断病变的侵犯深度有帮助。盆腔的CT检查对于判断肛管癌的侵犯深度和区域淋巴结的情况有很大帮助。
2、结肠镜：结肠镜检查有助于排除外结直肠癌，通过肠镜可以观察肛管腔内部，还可以取活检确定病理类型，但无法了解管壁及管壁外的情况。
3、肛管内超声(EAUS)和MRI：该检查可以明确肿瘤大小，以及肿瘤与周围器官的关系以及区域淋巴结情况，此项检查是最有效的评价治疗前分期的手段。
4、直肠指检：医生戴手套涂抹润滑油，用探查的手指轻轻地按摩肛门口，等到肛门括约肌放松后，再将探查手指缓慢插入肛门，触摸肛门口及直肠壁，以确定肿瘤的位置、大小、活动度以及与肛门括约肌的关系。
5、双侧腹股沟触诊：通过此项检查可以确定是否有淋巴结转移，腹股沟淋巴结转移是肛管癌最常见的转移部位。
6、正电子发射计算机断层显像：该检查可以全身寻找原发病灶，更可以检查出CT检查无法发现的病灶，还可以检查出全身其他部位有无累及。