肾盂肿瘤和输尿管肿瘤的病因尚未完全明确，其发生具有时间和空间的多中心性，主要危险因素包括吸烟、长期接触工业化学产品、服用某些肾毒性药物、长期饮用咖啡、泌尿道反复感染，好发于长期吸烟者等，长期接触工业化学产品等或可诱发该病。
一、主要病因
1、吸烟：吸烟是最重要的致癌因素，吸烟可使泌尿系统肿瘤发病风险增加，可能与香烟中含有多种芳香胺的衍生物致癌物质有关。吸烟的量越大，吸烟的时间越长，发生泌尿系统肿瘤的几率就越大。有数据显示，戒烟后泌尿系统肿瘤的发生率会有所下降。
2、长期接触工业化学产品：如染料、皮革、橡胶、塑料、油漆等，发生肾盂肿瘤和输尿管肿瘤的风险显著增加。现已经肯定主要致癌物质是联苯胺等，可在30~50年后发病。
3、服用某些肾毒性药物：长期服用镇痛药、环磷酰胺等含有马兜铃酸的药物，也是致癌的危险因素。
4、长期饮用咖啡：数据显示，长期饮用咖啡也能够增加肾盂肿瘤和输尿管肿瘤的发生率。
5、泌尿系统反复感染：如泌尿系统结石、泌尿系统感染、长期滞留导尿管等，都会增加肾盂肿瘤和输尿管肿瘤的发生风险，其中以磷癌多见。
二、诱发因素
1、长期吸烟：长期吸烟会增加这两种肿瘤的发生风险，可能与烟草中含有多种芳香胺的衍生物致癌物质有关。
2、长期接触工业化学产品：如染料、皮革、橡胶等，会增加这两种肿瘤的发生率。
3、长期应用有肾毒性的药物：如环磷酰胺、镇痛剂以及含有马兜铃酸的药物，也会增加这两种肿瘤的发生率。
4、长期尿路感染：因为泌尿系统结石或者长期滞留导尿管，都会增加这两种肿瘤的发生风险。
5、长期饮用咖啡：据资料显示长期饮用咖啡也会增加这两种肿瘤的发生风险。