十二指肠良性肿瘤的治疗方式主要包括内镜治疗和手术治疗，本病可通过短期治疗进行改善。
一、药物治疗
本病无需进行药物治疗。
二、手术治疗
1、经内镜切除法：目前经内镜切除十二指肠肿瘤的方法主要是指对息肉样的肿物，如腺瘤性息肉，但也有文献报道内镜下切除息肉样生长的类癌。
（1）高频电凝切除法：是广泛应用的内镜下切除方法，对于处理十二指肠息肉样肿物切除后的止血有一定的安全性和可靠性。
（2）激光凝固治疗：目前临床上有应用Na:YAG(石榴石)激光对组织的凝固作用以治疗无蒂腺瘤性息肉。小息肉可以一次消失，大息肉要作多次均匀照射。
（3）微波凝固治疗：微波是一种电磁波，可通过组织的升温引起组织凝固，比激光和高频电流安全。选择微波治疗主要是广基息肉和多发性小息肉，一次治疗可达多个或数10个。
（4）酒精注射法：内镜下用无水酒精，围绕息肉基底部二圈作点式注射，每点0.5ml，见白色血状隆起为度，多次注射后，息肉可以脱落，一般用于广基息肉的治疗。
（5）超声内镜方法：文献报道应用超声内镜引导下，进行黏膜下肿物的捆扎切除，这是一种新的内镜下肿物切除方法，扩大了内镜切除十二指肠肿物的适应症。
2、十二指肠部分切除术：十二指肠良性肿瘤多数需行十二指肠部分切除，即行肿瘤的局部切除。原则是以肿物所在部位、大小、形态以及是否并发其他疾病而决定术式。主要适应于恶性变高的绒毛状腺瘤、宽基底的腺瘤性息肉、平滑肌瘤等。
3、保留胰腺的十二指肠切除术：主要应用于局限十二指肠的良性病变、癌前病变、不可逆的十二指肠外伤及十二指肠良性狭窄等。此手术即保证了足够的切除范围，彻底切除了肿瘤好发部位，又保留了胰腺功能，可减少术后并发症的发生，防止肿瘤复发。
4、胰十二指肠切除术：对于十二指肠的恶性病变宜采用本手术。