基底细胞腺瘤治疗以手术切除为主。因部分肿瘤包膜不完整或包膜内有瘤细胞侵入，故单纯肿瘤摘除是不恰当的，应采取与多形性腺瘤相同的手术原则，即将肿瘤连同周围部分腺体一并切除。
一、药物治疗
该病尚无特效药物。
二、手术治疗
腮腺切除术：主要包括腮腺浅叶切除、全腮腺切除和腮腺区域切除三种手术方式，可以根据肿瘤的生长情况选择不同的治疗方案。若肿瘤较小或者是良性肿瘤可采取局部切除，若肿瘤包膜内有瘤细胞侵入，则需要将肿瘤连同周围的部分腺体一起切除。