涎腺囊肿多是由于口腔外伤、口腔卫生较差或先天发育不良导致导管狭窄、阻塞，引起黏液外渗或唾液潴留而形成的囊肿。
一、主要病因
1、先天因素：胚胎发育时遗留在深部组织的上皮组织发育而成的，表现为婴儿出生时腮腺中就有囊肿，可观察到婴儿脸颊内侧有水泡或柔软的凸起区域，囊肿的存在可能会影响婴儿进食。
2、唾液外渗：由腺管破裂导致唾液渗透到周围组织间隙所形成的囊肿，多发生于口腔外伤导致涎腺破裂。
3、唾液潴留：由于腺体导管弯曲、感染、唾液腺小结石等原因造成腺管部分阻塞，阻碍了唾液流动，唾液腺就会出现囊肿。
4、感染因素：当口腔内部滋生有害菌或感染了寄生虫时，则容易从涎腺导管口逆行感染，从而形成涎腺囊肿。
二、诱发因素
经常吃垃圾食品等易上火食物或硬质食物，不注意口腔清洁与护理，吃饭过快，经常咬到舌头或口腔内侧粘膜等情况容易诱发涎腺囊肿。