由于心脏肿瘤类型复杂，其病因尚不明确，继发性心脏肿瘤均为恶性，系由身体其他部位恶性肿瘤转移至心肌组织。心脏肿瘤中的心脏黏液瘤可能与家族遗传性有关，好发于有家族遗传因素的人群、恶性肿瘤患者、饮食不健康的人群、长期处于焦虑的人群、长期患有慢性疾病的患者。
心脏肿瘤具体的病因尚不明确，继发性心脏肿瘤是由其他组织或部位的恶性肿瘤转移而产生。心脏肿瘤中的心脏黏液瘤，可能与2号染色体和12号染色体异常有关，可能是家族遗传性。