对于颅内脊索瘤的治疗，目前还是以外科治疗配合做放疗，化疗等相关治疗，作为主要的治疗方法，但是预后欠佳。主要是因为对于颅内脊索瘤来说，往往暴露起来比较困难，同时肿瘤对放疗不是很敏感，因此很难做到完全的手术切除，而且也无法进行有效的放疗，杀死瘤细胞，预后一般。多数患者往往在手术后3-4年的时间出现死亡，主要是因为颅内一些重要的颅神经受到了损伤导致出现的。