上颌骨囊肿手术后遗症可能有面容改变、面瘫等。
颌骨处是维持中央面容的重要位置，在进行外科切除时，为防止囊肿的再次出现，往往会将局部的骨组织去除，进而对脸部形状产生影响，使脸部出现一些凹陷；
由于上颌骨位置比较靠近头颅，所以在进行手术的时候，若技术不熟练，很容易造成大脑神经的损害，严重的还会造成面瘫的后遗症。
在上颌骨囊肿术后，要加强对创面的护理，密切关注创面的内部出血，防止创面发生感染，从而对创面的恢复造成不利的影响。
但是也有可能导致囊肿复发，所以要及时去医院做进一步的检查。