口腔内出现水泡的病因是多方面的，经常会想到疱疹病毒感染、黏液囊肿以及自身免疫性大疱性疾病。
1.疱疹病毒：起水泡前病人会发热，水泡多数情况下2天至3天会破裂，可以在医生指导下使用阿昔洛韦片及其他药物对症治疗。
2.黏液囊肿：水泡可能发生于唇或口腔侧壁，以唇为主，为口腔内细小唾液腺唾液不能外流，唾液堆积而成，引起唾液不能流出来可能是因为被咬伤等因素，可以用手术取出唾液。少数透明水泡会出现在舌底，这可能是舌下腺囊肿引起的，可以用B超等方法证实是囊肿，如果是囊肿则舌下腺与囊肿一并摘除。囊肿摘除后由于咬伤等原因可于次次发生黏液囊肿所以黏液囊肿有一定程度的复发。
3.自身免疫性大疱性疾病：以口腔黏膜内出现大疱为特征，需要在医生指导下用糖皮质激素，予以治疗。