第二磨牙疼的原因有很多，常见的原因有龋病、牙髓炎等，针对不同的疾病采取不同的处理方法。
1、龋病：是由多种因素引起的，主要是由细菌引起的，对牙齿硬组织的破坏。第二磨牙龋坏后，牙本质小管暴露在空气中，如果受到物理或化学刺激，就会引起疼痛。治疗时首先要做的就是将变质的牙体组织清除掉，再用牙科材料对其进行修补。
2、牙髓炎：是指牙髓组织发生的炎性疾病，多由龋病引起，也有可能是牙外伤、牙周炎等引起。自发性痛、夜间痛、冷热刺激痛是牙髓炎的主要症状，主要是由于牙髓腔内压力过大所致。通过根管治疗可以去除牙髓内的炎症组织，从而达到减轻疼痛的目的，也可以通过直接盖髓和间接盖髓的目的。