引起牙痛、淋巴结肿大的原因很多，主要包括牙周脓肿、急性根尖周炎、根端囊肿等，需要到医院进行详细的检查，尽早发现问题所在，以便采取相应的措施，以免延误病情。
1、牙周脓肿：当牙周炎发展到晚期时，往往伴随着深牙周袋的出现。牙周脓肿主要是因为在清洁或刮治的时候动作粗暴，或是对牙龈组织造成了损伤，也有可能是因为牙周炎患者的身体免疫力下降，或是有一些比较严重的系统性疾病，都会导致牙周脓肿的发生。可将大块的牙石清除掉，也可使用抗菌药物进行治疗，必要时也可使用支持疗法。
2、急性根尖周炎：指的是根尖周组织中出现的一种浆液性炎症，或者是根尖周组织中出现的一种化脓性炎症，严重者会发展成颌骨骨髓炎。在急性根尖周炎中，患者会有剧烈的疼痛，若不及时处理，则会导致炎症扩散，导致局部肿胀。治疗的原则是尽早进行手术，并在根尖周建立一个通畅的炎症通道，以达到延缓炎症的目的。
3、根端囊肿：由于牙根尖的肉芽肿，根尖受慢性炎症的刺激，而使牙周残存的上皮发生增生而形成的囊肿。该囊肿位于软组织之下，其触诊的波动性较强，可发现淋巴结的扩大，并可能造成二次感染，引起牙痛及牙龈肿。在确诊后，必须立即进行外科治疗，以免引起相邻牙齿的长期错位和咬合紊乱。
可能是出现了深龋，也可能是在牙齿磨除的过程中出现了髓室损伤，导致了牙髓炎、再生障碍性贫血、血小板减少等情况。