牙齿正畸的副作用通常是矫正过程中可能会对牙周组织和牙根、牙龈炎和龋齿等方面造成短暂的、不同程度的影响。
1.牙周组织和牙根：如果牙列拥挤，排列不整齐，如果不注意口腔卫生，食物残渣、软垢等就会与唾液结合、矿化，形成牙结石，从而导致牙龈出现红肿，导致牙槽骨吸收，牙龈萎缩，引起牙齿敏感、松动、脱落等症状。在正畸过程中，由于牙齿的移动，破骨细胞会对牙槽骨或牙根造成损伤，从而造成牙根变短、牙齿松动等情况。
2.牙龈炎和龋齿：在进行正畸治疗时，由于矫正器械不易清洗，所以需要保持口腔的干净，如果不注重口腔的卫生，那么牙龈就会由于长时间的接触而产生炎性反应，从而会出现红肿、流血的症状，同时，牙齿也会由于细菌的积累、食物的残留等而产生蛀牙。