口腔溃疡的发病机制涉及多种因素的综合作用，其病因异常复杂。在发病过程中，除了受局部病变及全身疾病等因素制约外，还可能存在一些其他致病原因。
具体而言，该因素与患者的免疫系统功能密切相关。由于免疫系统具有调节机体内环境稳定的重要作用，所以在临床上许多疾病都可能导致口腔黏膜溃疡发生，这是因为免疫功能异常所引发的一种常见症状。
当患者的免疫系统出现抵抗力下降、睡眠质量下降、心理压力增加以及受到社会心理因素的影响时，其自身免疫功能会受到干扰，从而导致口腔溃疡的发生；
存在遗传因素的影响，导致部分患者存在家族病史；患有全身性疾病如胃和十二指肠溃疡、糖尿病、月经紊乱等的患者，其口腔溃疡的发生率较高。在临床上，许多患者一个月内持续出现2-3次口腔溃疡，且其位置不稳定，这往往是由于免疫功能紊乱所导致的。