对于佩戴牙套所带来的后遗症，通常会从多个角度进行考虑。
1、当口腔卫生状况不佳时，矫治器周围大量残留的软垢会黏附在牙齿表面，这些软垢会在致龋性细菌的作用下形成酸性物质，导致牙体组织脱矿，最终形成白垩色斑片或龋洞。
2、当施加过大的矫治力时，可能会导致牙齿发生倾斜移动，从而引发牙根吸收、牙齿松动等不良后果。
3、当牙齿快速移动时，由于牙槽骨的修复速度缓慢，拔牙处可能会出现凹陷，从而影响整体美观程度。
4、在食物嵌塞的情况下，由于牙槽骨的萎缩，形成了一个黑色的三角形，其位置位于牙颈部。
5、在颞颌关节功能紊乱综合征的矫治过程中，由于上下牙列的咬合高点形成的咬合干扰，可能会引发该综合征。