舌底下起水泡可能是有由于舌部发炎、黏液囊肿等原因导致的，根据病情对症治疗。
1、舌部发炎
舌炎是口腔疾病中比较常见的一种并发症，主要表现为舌头麻木、疼痛、肿胀、味觉丧失、局部起水泡等，与自身免疫力低下、药物刺激、更年期、内分泌紊乱等有关，可以适当补充维生素C、维生素B1等，同时还要在医生的指导下使用复方氯己定含漱液等药物进行治疗。
2、黏液囊肿
如果口腔粘膜受到创伤或者导管系统被阻塞，就有可能导致粘液囊肿，导致舌下长水泡，甚至吞咽困难、呼吸困难等症状。