舌下腺囊肿的保守治疗包括腔内注射硬化治疗、激光治疗、药物治疗和手术治疗。常用的注射硬化药物有鱼肝油酸钠注射液、注射用盐酸平阳霉素，但药物注射治疗方法复发率较高，建议患者就诊进行囊肿切除术。激光治疗有CO2激光、Nd∶YAP激光和Er,Cr:YSGG激光等，治疗的烧灼创口较小无血，一般不需要缝合和包扎创口，但治疗次数较多。
手术治疗适用于患者被确诊患有舌下腺囊肿，影响到正常吃饭说话，需要尽早进行囊肿切除术。为了减少复发几率，避免发生损伤，需要连同舌下腺一起进行切除。术后不出现感染的情况，一周左右就可以恢复。