吃巧克力牙疼多考虑是阻生智齿、龋病、牙髓炎等因素导致的。其中，阻生智齿是导致牙疼的常见原因之一，因为它可能导致牙龈肿痛、颌面部充血水肿等症状，并且吃巧克力后牙痛的症状加重。龋病和牙髓炎也可能导致牙疼，龋病是由于细菌感染等多种因素作用下，造成牙体硬组织进行性破坏的疾病，而牙髓炎则是牙髓发生的炎症性病变。
当患者患有龋病或牙髓炎时，由于牙本质被破坏，进食巧克力时会刺激牙神经，导致牙疼。因此，若患者在吃巧克力后出现牙疼的症状，应及时去医院就诊。