小孩牙齿有黑斑可能的原因是食物色素沉着、牙结石、龋病等。其中，食物色素沉着是由于患者近期食用颜色较深的食物，未做好口腔清洁，导致食物色素沉积在局部牙面上。牙结石是由于口腔卫生较差，导致牙面上附着有大量的菌斑、软垢，这些菌斑、软垢沉积的越来越多就会钙化形成结石。
龋病是由于口腔卫生不良等使口内积存大量的食物残渣，这些食物残渣促进了细菌的增殖，从而腐蚀牙釉质形成龋坏。龋齿的进一步发展会导致黑斑的形成。