腰两侧肌肉痛的原因有：
1、长期弯腰、拾物、久坐、久站、久躺等不良生活、工作姿势，会造成腰部肌肉的慢性劳损，同时也会造成腰背部肌肉的疲劳和高强度的运动引起的疼痛。
2、腰椎间盘突出会对腰肌的神经造成压力，从而引起腰侧的肌肉疼痛。
3、女性可能会有合并怀孕的可能，怀孕期间由于胎儿生长、子宫宫腔扩大，导致腰部肌肉疼痛，女性月经期间会出现腰肌酸痛。
4、输尿管结石、肾结石等泌尿系统疾病都会导致腰两侧肌肉疼痛。
5、全身感染性疾病，如肺结核、布氏杆菌病等，可引起全身高烧，并可造成腰肌酸痛。
6、夜间睡觉时，如果不注意保暖，腰会因为着凉而抽筋，早上起来的时候会出现腰侧的肌肉酸痛。