治疗腱鞘囊肿的药物有多种，如双氯芬酸二乙胺乳胶剂、鱼石脂软膏等。
1.双氯芬酸二乙胺乳胶剂：双氯芬酸二乙胺乳胶的主要成份是双氯芬酸钠，它能抑制环氧化酶，降低前列腺素的合成，并能抑制脂氧酶，降低白三烯、缓激肽等的产生，具有镇痛、抗炎、解热的功效，对腱鞘囊肿、肌腱鞘囊肿的疼痛、红肿等病症有一定的疗效。
2.鱼石脂软膏：鱼石脂软膏的成分是鱼石脂，具有抑菌、抑制分泌、消炎、消肿、轻度镇痛等作用，可以用于治疗腱鞘囊肿。