足背腱鞘囊肿的治疗方法是手术治疗或药物治疗。
如囊肿很小，没有不适的感觉，可不作治疗，并观察囊肿的改变。如囊肿较大、局部有痛感或血管神经受压时，可将囊肿置于局麻之下，将囊肿刺破引出药液后注射激素，这样可使囊肿璧相粘连、受压而消失。若囊肿特别巨大，而又压迫到周围的组织时，则建议麻醉下施行腱鞘囊肿摘除术以防止手术后腱鞘囊肿的复发。